La Casa de Compuertas está situada en un extremo de la presa. Bajo ella pasan las aguas del Ebro al Canal a través de once bocas de 1,67 m de anchura y 2,22 m de altura, cada una de ellas con su correspondiente compuerta.

Pignatelli levantó esta casa utilizando planos de Luis Chimioni y Fernando Martínez Corcín, aunque realizó importantes modificaciones, como la de añadir una tercera planta para viviendas. En 1873 una gran riada provocó la rotura de la presa y causó graves daños en el edificio, lo que obligó a una reparación de envergadura que llevó a cabo Mariano Royo y Urieta, director del Canal durante esos años. Aunque, en general, la reforma fue respetuosa con la obra, se introdujeron notables mejoras funcionales, como la supresión de la escalera del testero Sur y la construcción de una torre de ladrillo que ocultaba un nuevo depósito de agua.