Para hacer posible la navegación fue necesaria la construcción de esclusas -“inclusas”, según se decía antiguamente- que permitieran salvar los desniveles. Pese a la considerable longitud del Canal, se construyeron solamente tres grupos de esclusas –el primero de ellos ya en el Km. 81–, lo que demuestra que fue una obra bien trazada que aprovechó con ventaja los relieves del terreno, salvando con acueductos las pequeñas vaguadas y los pasos de los ríos Jalón y Huerva. Con un desnivel total de 125 metros en todo su recorrido, la pendiente del Canal es tan sólo de 8 cm/km –es decir 0,08%–, lo que hace posible la navegación en ambos sentidos.

Las esclusas funcionaban de la siguiente manera: cuando una barca bajaba por el cauce en el sentido de la corriente, primero se abrían las portanas inferiores de la compuerta situada aguas arriba para que entrase el agua desde el canal a la balsa y se igualasen los desniveles. Una vez que estaban al mismo nivel, se abrían las compuertas, abatiéndolas contra la pared del canal, para que pasara la barca.

Se encerraban entonces, las compuertas superiores de la esclusa y se abrían las portanas de las situadas aguas abajo, con lo que el agua pasaba y descendía el nivel de la balsa hasta igualar al del Canal; en ese momento se abrían las compuertas y la barca seguía su recorrido. Para remontar la esclusa, se hacía esta misma operación en sentido inverso.

Las esclusas se localizan en tres zonas, todas ellas dentro del término municipal de Zaragoza, donde el cauce pierde una altura total de 30 metros, desnivel que fue utilizado para poner en funcionamiento diversos ingenios mecánicos como molinos, batanes, etc.

Las dos esclusas de Casablanca, también llamadas de San Carlos, se sitúan en el Km. 81 y tienen un salto de unos 6,5 metros de altura. Regulaban el nivel del Canal antes de cruzar el río Huerva y formaban parte del puerto de Casablanca. Actualmente se mantienen en buen estado de conservación, aunque no están en uso.

Las cuatro esclusas de Valdegurriana, situadas en el Km. 89, al término de los montes de Torrero, tienen un salto total de 13 metros. Igual que las de Casablanca y la del camino de Torrecilla, tienen planta oval y una esmerada construcción en sillería. A la entrada de estas esclusas se encuentra la Almenara de San Bernardo. Están bien conservadas.

Las tres esclusas del camino de Torrecilla se encuentran en el Km. 91, con un salto de 9,75 metros y están actualmente en ruinas.

En los últimos años se han instalado cuatro compuertas transversales que pueden actuar como esclusas y adaptarse a la navegación si fuese necesario.